微生物肥料（菌肥）的主要***是促进植物根系的发育。只要我们能知道植物根系的重要性，就能知道微生物有机肥内含的多种功能性微生物进入土壤后，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成。此类产品要通过有机认证，并严格按照有机标准生产才可用于有机农业。团粒结构的形成能使土壤变得疏松、绵软，保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发展，为农作物提供舒适的生长环境
由于一种肥料常有多种属性，除上述分类外，还有常见的其他分类方法：①按肥料物理状态可分为固体和流体肥料。固体肥料又分为粉状和粒状肥料。流体肥料是常温常压下呈液体状态的肥料。当然水溶性肥料的施用方法十分简便，它可以随着灌溉水包括喷灌、滴灌等方式进行灌溉时施肥，既节约了水，又节约了肥料，而且还节约了劳动力，这在劳动力成本日益高涨的今天使用水溶性肥料的效益是显而易见的。②按肥料的化学性质，可分为化学酸性、化学碱性和化学中性肥料。③按肥料被植物选择吸收后对土壤反应的影响，可分为生理中性、生理碱性和生理酸性肥料。④按肥料中养分对植物的有效性，可分为迟效和长效肥料
沼气肥作物秸秆、青草和人粪尿等在沼气池中经微生物发酵制取沼气后的残留物。富含有机质和必需的营养元素。沼气发酵慢，有机质消耗较少，氮、磷、钾损失少，氮素回收率达95%、钾在90%以上。沼气水肥作旱地追肥；渣肥作水田基肥，若作旱地基肥施后应复土。有的有机肥料则以供应农作物所需养分为主，如人粪尿、鸡粪等等，这种差别主要视不同有机肥料中有机质和含氮量之间的比例而定。沼气肥出池后应堆放数日后再用(因沼肥的还原性强，出池后立即使用，会与作物争夺土壤中的氧气，导致作物叶片发黄、凋萎)。
单施氮素化肥，或单施低量有机肥，或低量有机肥与氮素化肥配合的处理，土壤中的磷都是亏缺的。前者比后者亏缺更多。只有施用高量有机肥，和高量有机肥与化肥配合的处理，土壤中的磷才有盈余。与土壤磷素变化相同，各处理9年平均土壤效钾含量与对照比较，单施氮肥处理几乎与对照没有什么差别，单施低量有机肥和低量有机肥配合施用氮肥的处理，效钾增加6～7毫克/公斤，施用高量有机肥和配合施用氮肥的处理，效钾增加11毫克/公斤。如以人粪收集利用率按60%、人尿30%计算，中国农村人口有9亿，折合为成年人，每年就可积攒人粪尿1600多亿公斤，可为农业生产提供氮素90万吨，磷素28万吨，钾素34万吨。可见施用有机肥对土壤磷、钾素平衡十分重要。中国化肥生产中氮磷钾比例失调，中国耕地有近3亿亩缺钾，10亿亩缺磷。
