清洗消毒室宜分开，考虑到支气管镜可能存在分枝污染的风险，有条件的机构建议气管镜的清洗消毒室单独设置；湿的导光杆会使电子接触点生锈，久而久之电子信号传送不畅而失去功能。条件不具备时洗消可以放在一个房间，但不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。同时必须做好清洗消毒室工作人员职业防护、房间通风换气。 清洗槽清洗机应分开不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。清洗过程会有残留细菌的污染，考虑到不同系统的内镜污染的细类不同，其对常用消毒剂抵抗力也不同，一旦交叉污染可能会造成，“规范”要求应分开。
灭菌的可行性与有效性
理想状态是一用一灭菌，我国有些地方对十二指肠镜做到了一人一用一灭菌、不少医院开展了定期灭菌。灭菌和二次高水平消毒需要考虑内镜的特点、灭菌方法的可靠性、工作机制可行性。
内镜的特点：内镜本身是影响消毒灭菌效果的关键因素。属于、价格贵、多有管路，管路难清洗，难观察、消毒灭菌不合格率较高、内镜内表面容易生长生物膜等。
灭菌的可靠性：杀灭所有微生物，保证灭菌水平。
灭菌方法：在选择灭菌方法时需要综合考虑，保证灭菌效果。
消毒灭菌是消灭腔镜器械上的所有微生物，常见的物理灭菌方法有高温、紫外线、电离辐射。对于手术器械的消毒灭菌，通常以高温为主，电离辐射通常用于和一次性用品的消毒灭菌，而紫外线主要用来杀灭悬浮在空气中或物体表面的微生物，如手术台、手术室、ICU等。对于特殊的手术器械，如刀片、缝合器、刀片等，可使用化学消毒液进行消毒，另外，还可用于皮肤消毒、内镜消毒，但大部分化学消毒液会损害人体组织，只是这种损害程度较轻。究竟是采取哪种方式清洗，面临比较大的问题，目前常常将两种清洗方式对立起来了。