菌肥一般包装较大，多为40kg，也有25kg和50kg包装的，一般亩用量较大，按照目前***各地亩有机质含量在1.0%左右的情况，一般果树要200-500公斤左右。大肥料菌肥目前的市场价格比较集中在2000-3000之间，以逐步成为市场的主流肥料。一般复合微生物肥料和生物有机肥的每亩使用量超过200kg，而农用微生物菌剂在单位面积上的用量少，一般每亩用量2-5kg。
一般农用微生物菌剂简称菌剂，是小肥料，是配剂。把复合微生物肥料和生物有机肥简称菌肥，是大肥料。
生物肥料简称“菌肥”，是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品。它利用微生物的生命活动及代谢产物，改善作物养分供应，为农作物提供营养元素、生长物质，达到调控生长、增强抗逆性，达到提高产量、改善品质、减少化肥使用、提高土壤肥力的目的。通过菌肥中微生物的生命活动，改善作物营养条件，如固定空气中的氮素，参与养分的转化，促进作物对养分的吸收;分泌各种ji素刺激作物根系发育，******微生物的活动等。在蔬菜上应用，能预防蔬菜死棵，减轻病害，改良土壤、解除盐害等特殊作用，而深受菜农欢迎。
一般有机肥大多作为基施，有机肥富含有机质，是改良土壤和增加土壤肥力的物质之一。因为它的肥效长，肥效慢，要想有机肥达到预期的效果，在使用前必须经过充分的腐熟，如果在后期追施，效果不如复合肥明显，微生物菌肥好与有机肥同时使用，有机肥是微生物菌肥好的搭配伙伴，和有机肥一起施入土壤后，经过大量的繁殖，可以起到以有益菌******菌的效果。微生物菌肥也可以单独使用或定植前后使用，但是不可以和化肥混合使用。
另外在一块田地的土壤当中，要想把握住怎样确定是否应该使用哪种肥料，好还是应该经过测土化验，了解土壤中所含有的各种营养元素。做到有的放矢，才能发挥肥料的利用率大化。