超纯水的整个工艺流程是先经过预处理，然后加药杀毒，再经过RO反渗透系统，再使用离子交换混床或者EDI设备制取超纯水。
由于超纯水对水质的BOD和TOC等物质的含量要求比较高，所以一般会采取二级反渗透，后面的工艺比则采取离子交换混床或者EDI的技术。
离子交换混床是通过离子交换树脂在电解质溶液中进行的，可去除水中的各种阴、阳离子，是目前制备高纯水工艺流程中不可替代的手段。离子交换器分为阳离子交换器、阴离子交换器等。当原水通过离子交换柱时，水中的阳离子和水中的阴离子（HCO3-等离子）与交换柱中的阳树脂的氢根离子和阴树脂的氢氧根离子进行交换，从而达到脱盐的目的。阳、阴混柱的不同组合可使水质达到更高的要求。
离子交换法是目前国内外制水行业普遍采用的较为理想的方法，也是***经济有效地化学法之一，离子交换是一种用阴阳交换树脂对离子的选择性及平衡反应原理，去除水中电解质离子的技术。其特点是利用离子交换树脂在水中和钙、镁及钠离子接触交换，从而得到优质纯水及高纯水，水质安全可靠，是一套完整成熟的制水工艺，现广泛为广大用户认可。
EDI作为制取超纯水的设备，作为反渗透设备后的二次除盐设备，可以制取出高达10-18.2MΩ.CM。EDI设备无需化学药剂的再生，可以连续运行。在具体的应用中，仅调节EDI的运行电流就可以改变其出水水质。因此广泛用于微电子工业，半导体工业，发电工业，制药行业和实验室。也可以作为制药蒸馏水、食物和饮料生产用水、发电厂的锅炉的补给水，以及其它应用超纯水。
连续电除盐（EDI，Electro deionization或CDI，continuous electrode ionization），是利用混和离子交换树脂吸附给水中的阴阳离子，同时这些被吸附的离子又在直流电压的作用下，分别透过阴阳离子交换膜而被除去的过程。这一过程离子交换树脂是电连续再生的，因此不需要使用酸和碱对之再生。这种新技术可以替代传统的离子交换装置，生产出高达18M-CM的超纯水。又可以比较清晰地描述：EDI是利用阴、阳离子膜，采用对称堆放的形式，在阴、阳离子膜中间夹着阴、阳离子树脂，分别在直流电压的作用下，进行阴、阳离子交换。而同时在电压梯度的作用下，水会发生电解产生大量H+和OH-，这些H+和OH-对离子膜中间的阴、阳离子不断地进行了再生。由于EDI不停进行交换——再生，使得纯水度越来越高，所以，轻而易举的产生了高纯度的超纯水。
EDI技术是由电渗透和离子交换有机结合形成的一种新型膜分离技术。借助离子交换树脂的离子交换作用与阴、阳离子交换膜对阴、阳离子的选择性透过作用，在直流电场的作用下，实现离子定向迁移，从而完成水的深度除盐。由于离子交换、离子迁移及离子交换树脂的电再生相伴发生，犹如一个边工作边再生的混床离子交换树脂柱，可以连续不断地制取高质量的纯水、高纯水，因而又称连续去离子（continuous deionization,简称CDI）。