如何基于用水部门间水资源合作实现水资源短缺区域内水资源优化配置这一议题包括３个层面的问题：① 区域中谁与谁进行水资源合作形成联盟；② 联盟成员如 何 共 用 水 资 源 获 益；③ 联 盟 用 水 收益如何在成员间分配。实际上，对于第１个问题，用水部门通过水资源合作可形成很多可行联盟，可行联盟的***函数（联盟中水资源如何共用、获益）和联盟收益分配方式共同决定了该可行联盟终是否能够稳定存在。相关研究对于上述３个层面的问题进行了探讨：Ｗａｎｇ等以及 Ｘｉａｏ等针对用水部门只能同时参与一个水资源合作联盟时的情况，构建了基于价格－需求函数的用水部门用水效益函数，并采用基于核心的清晰联盟合作博弈给出了流域内的用水部门合作联盟结构，以及该结构下各联盟用水收益的分配结果；Ｓａｄｅｇｈ等针对用水部门能同时参与多个水资源合作联盟的跨流域水资源优化配置问题，构建了基于常数形式联盟收益系数的模糊联盟支 付 函 数，并 采 用 模 糊 Ｓｈａｐｌｅｙ值 法 将 各联盟用水收益分配给用水部门；
因此《关于加快水利改 革发展的决定》( 中发〔2011〕1 号) 、《关于实行严格水资源管理制度的意见》( 国发〔2012〕3 号) 明确提出了规划水资源论证制度，将建设项目水资源论证制度和规划水资源论证制 度结合起来，才能有效解决取用水管理中面临的相关问题。规划水资源论证与涉及水资源的规划审批和实施相衔接，从水资源禀赋条件、水资源承载能力出发，协济发展和水资源支 撑与保障的关系; 把用水合理性管理的源头从建设项目推进至 区域发展规划和行业发展规划层面，在水源供给侧坚持以水定 产、以水定城、以水定发展，从水资源系统全局统筹规划与规划之间的用水协调性和水资源优化配置问题，以及减少或消除区域水资源开发利用中的不良影响等。
根据区域水资源配置的范围，对象和规模的不同，我们可以将区域水资源优化配置分为灌区水资源优化配置，城市区域水资源优化配置流域水资源优化配置等等，将可持续发展战略为指导思想，运用系统的分析理论和优化技术手段，将区域有限的水资源在各个领域进行优化的分配。由于区域水资源的配置没有增加供水量也没有减少供水量，但是可以在一定程度上时的总体效益达到化，这是由于在水资源配置过程当中相关工作人员以综合效益为目标，利用新型的优化方法和工作技能，通过适当的产业调整，很少多余的水资源浪费，将节省下来的水用于水资源利用率高，并且能耗较少的部门，从而使得水资源得到有效并且充分的利用。
