调节微生物区系，改善土壤微生态系统。腐熟的有机肥中含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有机肥还含有固氮菌、硅酸盐***、溶磷菌、光合***和假单胞菌等一些有益菌，这些微生物除了具有产生大量活性物质的能力外，还具有固氮、溶磷、解钾的能力，有的还具有***植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生态环境的能力。此外，生物有机肥施入土壤后，能够调节土壤中微生物的区系组成，使土壤中的微生态系统结构发生有益改变。
活化难溶化合物，提高土壤向供养能力。生物有机肥料中含有固氮微生物，该类微生物可通过其中固氮酶的作用将空气中的氮还原为可被作物吸收利用的成份，是作物提供氮素营养的一条重要途径。此外，生物有机肥中还添加了一定数量的溶磷微生物和硅酸盐***，施入土壤后经增殖并与其他土壤微生物协同作用，可分解土壤中某些原次生矿物，并同时将这些矿物所固定的磷、钾等养分释放出来，把无效态磷、钾转化成可供作物吸收利用的有效态养分，直接被作物吸收利用，提高土壤供肥能力。
化肥药利用率稳步提高，是多项技术、多个因素聚合的结果。
一是科学施肥用药理念深入人心。化肥药减量增效成为各地的推进绿色发展的重要内容，减量增效理念深入人心，社会各界普遍认同。
二是节肥节药技术大面积推广。测土配方施肥、水肥一体化、机械深施、有机肥替代和生态调控、物理防治、生物防治、精准施药等节肥节药技术大面积推广应用。目前，***测土配方施肥技术应用面积19.3亿亩次、技术覆盖率达到89.3%，绿色防控面积超过8亿亩。
多类芽孢干菌：多粘类芽孢干菌可以产生多粘菌素，而多粘菌素分子中的环状构造可以插入到***细胞膜中，从而改动细胞膜的浸透性，形成细胞内含物的流失招致***病菌死掉；多粘类芽孢干菌产生的核苷类扛菌素多氧没素能作用于***的细胞壁，惹起***生长时的菌丝端构成收缩泡而决裂。 解淀粉芽孢干菌：解淀粉芽孢干菌的作用机理主要包括分泌菌物质，产生拮抗作用，营养与空间的竞争，诱导寄主产生抗性和促进植物生长等。