在纯净水的生产中可对水无菌处理，能有效防止因水的不洁净而对食品造成的污染。
主要消毒对象有对灌装设备、管道系统、水处理系统设备的消毒；瓶盖的消毒。车间环境车间熏蒸及管道、器具、容器、设备、工厂环境的消毒设备消毒；人员的手及工作服消毒。
PET瓶消毒方法可分为动态循环消毒和静态浸泡消毒；
国内外大量的使用表明，二氧化氯是安全、***的***，无‘三致’效应，同时在消毒过程中也不与有机物发生氯代反应生成有机氯化物或其它***物质。由于二氧化氯具极强的氧化能力，在高浓度时（＞500ppm）会有不利影响。当使用浓度低于500ppm时，其影响可以忽略，100ppm以下时不会对***产生任何影响，包括生理方面，对皮肤亦无任何致敏作用。事实上，一般的常规使用浓度仅在几十ppm左右。因此其被国际上公认为安全、环保、***的绿色杀菌剂。