微波杀菌设备在食品业主要应用于各种小包装食品、瓶装食品、瓶装饮料、糕点、饼干、果脯、豆制品、熟食、调味品（鸡精、香精）面粉等的杀菌处理。
微波杀菌是微波热效应和非热效应共同作用的结果。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用：而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或***。因此，微波杀菌温度低于常规方法，一般比较，常规方法杀菌温度要在100-120度以上，时间要在十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度仅在70至90度，时间约为几分钟（例如：豆制品***总数6-7万左右，经过微波杀菌以后***总数只有6千以下，大肠菌群小于30，时间十五分钟左右达到食品杀菌的要求）。
通过微波杀菌处理的食品的保质期可延长3~8倍，不***原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。与其它干燥、杀菌、解冻设备相比，可缩小占地面积、降低能耗30%~100%。而且不生产“三废”污染。
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