水处理是饮料生产的重要工艺，生产用水的质量好坏直接影响产品的质量和风味。加强水的无菌处理，能有效防止因水的不洁净而对食品造成的污染。
前期原料处理：指对粮食、水果、蔬菜类等固体原料的浸泡杀菌处理。
车间环境及设备消毒：
车间熏蒸：取一敞口的塑料容器，先倒入5公斤左右的清水，再把本品倒进去搅拌均匀。把配制好的溶液分成若干份置于厂房四周（放置高1米左右）自然挥发。
浸泡消毒：消毒液浸泡10分钟，消毒池应远离窗、门口，避免光线直射。
在水池前用洗手液洗涤双手至腕部以上、袖口以下，搓揉20秒，彻底清洁手指之间及指甲四周的部分；用流动的温水将手冲洗干净。
脚踏消毒池：建议鞋靴在脚踏池中停留30秒。
对于前酵罐、酵母添加器、灌装机、过滤机等设备的表面灭菌，对其表面进行喷雾灭菌或用布蘸取擦刷；过滤水滤芯、瓶盖等，使用30~50ppm消毒液浸泡30分钟，用无菌水冲洗残液后使用。