水性油墨凹凸压印工艺流程为：制凹面模版-翻制凸面模版-装版-压印。
（1）水性油墨的制凹面模版。凹凸压印凹面模版采用金属版制成，一般采用铜版、钢版或锌版制作，制作方法有雕刻法、腐蚀法和综合法。
（2）水性油墨的翻制凸面模板。为了能压制出具有立体感的图文，在平版上需要制作出一块与凹面模版相对应的阳模版。我国目前还是采用黄纸版和石膏液制作阳模版。国内已经有用薄形树脂版做版基。在其表面洒上液体树脂加热压制作阳模版的了。
（3）装版。凹面模版应该尽量装在铁框居中的位置上，铁框放入版台时需要将锁紧螺丝旋紧，凹面模版要垫平而且位置要准确，否则在压印时会套不准。
（4）压印。凹凸压印的印刷与凸版印刷相同，其不同之处有三点：一是不用水性油墨，二是压力大，三是增加了凸面阳模版。
在水性油墨凹凸模版装好后，可先试压印几张，检查套准程度及压力等，确定没有问题后即可大量压印，在压印过程中，要经常检查模版是否有松动和移位的现象，遇到轻微松动或者移位的现象要及时调整。压印过程中，应尽量避免移动模版和版框，以防套印不准。