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为典型的阴性树种。常处于林冠下乔木第二、三层，散生，基本无纯林存在，也***团块分布。只在排水良好的酸性灰棕壤、黄壤、黄棕壤上良好生长，苗喜荫、忌晒。其种子种皮厚，处于深休眠状态，自然状态下经两冬一夏才能萌发，天然更新能力弱。常绿乔木或灌木；小枝不规则互生，基部有多数或少数宿存的芽鳞，稀全部脱落；冬芽芽鳞覆瓦状排列，背部纵脊明显或不明显。叶条形，螺旋状着生，基部扭转排成二列，直或镰状，下延生长，上面中脉隆起，下面有两条淡***、灰绿色或淡***的气孔带，叶内无树脂道。
雌雄异株，球花单生叶腋；雄球花圆球形，有梗，基部具覆瓦状排列的苞片，雄蕊6-14枚，盾状，花药4-9,辐射排列；雌球花几无梗，基部有多数覆瓦状排列的苞片，上端2-3对苞片交叉对生，胚珠直立，单生于总花轴上部侧生短轴之顶端的苞腋，基部托以圆盘状的珠托，受精后珠托发育成肉质、杯状、红色的假种皮。
种子坚果状，当年成熟，生于杯状肉质的假种皮中，稀生于近膜质盘状的种托（即未发育成肉质假种皮的珠托）之上，种脐明显，成熟时肉质假种皮红色，有短梗或几无梗；子叶2枚，发芽时出土。10月中下旬，在红豆杉果实呈深红色时采收种子。该种子属生理后熟，需要经过1年的湿沙贮藏才能发芽。为提高发芽率，常采取室外自然变湿沙藏层积法对红豆杉种子进行催芽处理。