雄球花圆柱状卵圆形，长5-10毫米，聚生新枝下部，长约3-6厘米；雌球花有短梗，淡紫褐色，当年生小球果长约1厘米，下垂。 [1]
球果卵圆形或长卵圆形，长3-6厘米，径2-3厘米，成熟前绿色，熟时淡褐***，熟后开始脱落；中部种鳞的鳞盾多呈斜方形，纵脊横脊显著，肥厚隆起，多反曲，鳞脐呈瘤状突起，有易脱落的短刺。
种子黑褐色，长卵圆形或倒卵圆形，微扁，长4.5-5.5毫米，连翅长1.1-1.5厘米；子叶6-7枚，长1.3-2.4厘米；初生叶条形，长1.8-2.4厘米，上面有凹槽，边缘有较密的细锯齿，叶面上亦有疏生齿毛。花期5-6月，球果第二年9-10月成熟。
樟子松的雌球花、球果种鳞的形状、小枝的色泽以及针叶的质地与欧洲赤松都相似，惟老树树干下部的树皮较厚，深纵裂，灰褐色或黑褐色，上部树皮***至褐***，裂成薄块片脱落；针叶长短变异颇大，***长可达12厘米，径1.5-2毫米，冬芽淡褐***等形态特征与欧洲赤松不同。樟子松的树形因生长环境不同而有所不同：生于大兴安岭山区的树木树冠成尖塔形，树干端直高大；生于海拉尔以西与以南砂丘地区的树木，则树冠平顶，树干较短。这两种类型是否需要划分，有待进一步研究。
本段生长习性
为喜光性强、深根性树种，能适应土壤水分较少的山脊及向阳山坡，以及较干旱的砂地及石砾砂土地区，多成纯林或与落叶松混生。
樟子松耐寒性强，能忍受-40～-50℃低温，旱生，不苛求土壤水分。树冠稀疏，针叶稀少，短小，针叶表皮层角质化，有较厚的肉质部分，气孔着生在叶褶皱的凹陷处，干的表皮及下表皮都很厚，可减少地上部分的蒸腾。同时在干燥的沙丘上，主根一般深1～2米，***深达4米以下，侧根多分布到距地表10～50厘米沙层内，根系向四周伸展，能充分吸收土壤中的水分。1967年是辽宁省章古台地区比较干旱的年份，六月份固定沙地0～125厘米沙层含水量为2～3%，12年生落叶松因干旱大部分***，杨树等阔叶树种的叶子黄枯或部分脱落，而樟子松仍然正常生长。